La Maestría en Agricultura Ecológica es un programa académico de posgrado conducente al Magister Scientiae en Agricultura Ecológica. El programa está dirigido a personas que cuentan con un grado académico universitario de bachillerato o licenciatura en áreas del saber tales como ciencias agropecuarias, biológicas, forestales, ambientales y economía agrícola. El plan de estudios integra los ámbitos productivo, ambiental, económico, social, político y cultural del sistema de producción agroalimentario basado en los procesos ecológicos. Las personas formadas en esta maestría tendrán la habilidad de diseñar agroecosistemas sustentables, considerando factores como mercado, empleo, ingreso, participación de personas en condición de desventaja (jóvenes, mujeres, entre otros) y métodos ecológicos de producción. La maestría ofrecerá a las personas interesadas la oportunidad de realizar estudios de posgrado de alta calidad, de formarse como especialistas en investigación en agricultura ecológica y desarrollar la capacidad para integrar los diversos ámbitos de la producción agropecuaria.